Nelimarkka-museon taustalla toimivan Eero Nelimarkan vuonna 1945 perustaman Nelimarkka-Rahasto säätiön tehtävänä on Eero Nelimarkan tuotannon ja elämäntyön vaaliminen. Säätiö tukee ja valvoo Nelimarkan vuonna 1964 Alajärvelle rakennuttaman Nelimarkka-museon toimintaa.
Eero Nelimarkan haaveena oli taidekoulun perustaminen museon yhteyteen. Hän halusi, että myös maakuntien asukkailla on mahdollisuus laadukkaaseen taideopetukseen. Vaikka varsinainen taidekoulutoiminta jäikin lyhytaikaiseksi, Nelimarkka-museo painottaa yhä toiminnassaan yleisötyötä ja museokasvatusta.
Nelimarkka-Rahasto säätiö on tähän asti tukenut koululaisten museovierailuja maksamalla puolet museossa vierailevien koululaisten kyydeistä. Säätiö päätti vuosikokouksessaan 2015 nostaa koululaiskyytien tukisummaa ja korvausprosentti nostettiin samalla sataan, eli säätiö korvaa aluetaidemuseon piiriin kuuluvien koulujen kuljetukset museolle tästä lähtien kokonaan.
Koululaiskyytien lisäksi säätiö tukee museon toimintaa myöntämällä sille muita harkinnanvaraisia avustuksia esimerkiksi konservointiin sekä erilaisiin hankkeisiin.
Etelä-Pohjanmaan aluetaidemuseona toimiva Nelimarkka-museo on tärkeä vierailukohde paitsi alueen oppilaitoksille, myös muille ryhmille. Erityisesti kesäisin museo tuo Alajärvelle myös turisteja ja matkailijoita. Museon residenssitoiminta vie tietoa maakunnasta ulkomaille ja edistää kansainvälistä yhteistyötä.
Opetus- ja kulttuuriministeriön myöntämät avustukset kertovat museon tarpeellisuudesta alueella. Myös Museovirasto on määritellyt museoalueen valtakunnallisesti merkittäväksi rakennetuksi kulttuuriympäristöksi.
